此次新《公司法》修改目标之一是深化国企改革，完善中国特色现代企业制度，新法将现行《公司法》第4节“国有独资公司的特别规定”调整为专章，即第7章“国家出资公司组织机构的特别规定”，吸收了国资国企改革的成果，将一些行之有效的改革措施以立法形式固化下来。
1、扩大现行《公司法》关于国家出资公司的适用范围
新《公司法》第169条规定：国家出资公司，由国务院或者地方人民政府分别代表国家依法履行出资人职责，享有出资人权益。国务院或者地方人民政府可以授权国有资产监督管理机构或者其他部门、机构代表本级人民政府对国家出资公司履行出资人职责。现行《公司法》规制范围限于国有独资公司，新法则将其扩大为国家出资公司，包括国有独资、国有控股类型的有限责任公司、股份有限公司，实现对公司制国家出资公司监管的全面覆盖。此外，现行《公司法》第64条规定国有独资公司的出资人代表机构仅有“本级人民政府国有资产监督管理机构”，但实践中财政部门以及党政部门和事业单位都在管理自己的国有企业，该条将“其他部门、机构”囊括进来，回应了各管一摊的局面。
2、加强中国共产党对国有企业的领导作用
新《公司法》第170条规定，国家出资公司中中国共产党的组织，按照中国共产党章程的规定发挥领导作用，研究讨论公司重大经营事项，支持公司的组织机构依法行使职权。
此条参考了《国有企业公司章程制定管理办法》中的相关规定，也是国有企业与非国有企业的不同之处。国有企业的党组织需对“三重一大”事项进行研究讨论，是董事会、经理层决策重大问题的前置性程序，否则，有关内部决策可能存在合规管理风险、内部控制机制风险乃至决议效力存在瑕疵的法律风险。新《公司法》明确了企业党组织参与到公司治理结构中，明确和落实了党组织在公司法人治理结构中的法定地位，提升国有企业公司治理能力。
3、履行出资人职责的机构
新《公司法》第171条规定，国有独资公司章程由履行出资人职责的机构制定。第172条规定，国有独资公司不设股东会，由履行出资人职责的机构行使股东会职权，且其可以授权董事会行使股东会的部分职权。但公司章程的制定和修改，公司的合并、分立、解散、申请破产，增加或者减少注册资本，分配利润，应当由履行出资人职责的机构决定。
履行出资人职责的机构相当于国有独资公司的唯一股东，随着国企改革的深入，“管人管事管资产”的模式逐渐被“管资本”的模式替代，第172条修改了现行《公司法》第66条关于国有独资公司在合并、分立、解散、申请破产的重大事项上须经监督管理机构审核以及本级人民政府批准后方可实施的规定，而将上述事项的决策权下放给履行出资人职责的机构，交由企业管理层与出资人决定，减少了企业委托代理成本，提高了决策效率。
但需要注意的是，《企业国有资产法》第34条规定：“重要的国有独资企业、国有独资公司、国有资本控股公司的合并、分立、解散、申请破产以及法律、行政法规和本级人民政府规定应当由履行出资人职责的机构报经本级人民政府批准的重大事项，履行出资人职责的机构在作出决定或者向其委派参加国有资本控股公司股东会会议、股东大会会议的股东代表作出指示前，应当报请本级人民政府批准。”由此，依国务院规定的“重要” 的国有独资企业、国有独资公司和国有资本控股公司，履行出资人职责的机构仍然无权自行决定上述重大事项，而需履行前置报批程序。
4、加强国有独资公司董事会建设
新《公司法》第173条规定，国有独资公司董事会成员中，应当过半数为外部董事，并应当有公司职工代表。董事由履行出资人职责的机构委派，但董事会成员中的职工代表由公司职工代表大会选举产生。董事会成员由履行出资人职责的机构委派；但是，董事会成员中的职工代表由公司职工代表大会选举产生。董事会设董事长一人，可以设副董事长。董事长、副董事长由履行出资人职责的机构从董事会成员中指定。此条明确国有独资公司须有过半数外部董事，外部董事是国务院国资委为进一步规范董事会建设工作推出的一项制度安排。外部董事不在任职公司领取薪酬，与任职公司不存在劳动合同关系，由此可一定程度上保持自身独立性，制约经理层和内部董事，实现决策权与执行权分离，防止内部人控制。当前，国有企业的外部董事大多来自金融、法律、会计等专业领域，其配备水平逐步提高，但仍需要进一步加强外部董事的选择和培训，提高其专业素养。此外，国有独资公司的董事长、副董事长，可由履行出资人职责的机构从董事会成员中指定。无需通过董事会进行选举，充分体现了出资人意志。实践中，国有独资公司董事长一般兼任党委书记和法定代表人。
5、审计委员会的设置
新《公司法》第176条规定国有独资公司在董事会中设置由董事组成的审计委员会行使本法规定的监事会职权的，不设监事会或者监事。
此次《公司法》修订中国有独资公司取消监事会，契合监事会的改革历程。该条并未采取一审稿中国有独资公司需强制设置审计委员会的规定，而是交由企业自身决定保留或取消监事会。但依改革总体趋势来看，取消监事会符合国有企业的实际情况，因国有企业存在“六位一体”的监督体系，即使没有监事会和监事，还有党委监督、政府审计监督、巡视巡查等监督方式可以替代。
根据《关于深化中央企业内部审计监督工作的实施意见》的规定，审计委员会要定期或不定期召开有关会议并形成会议记录、纪要，加强对审计计划、重点任务、整改落实等重要事项的管理和指导，督促年度审计计划及任务组织实施，研究重大审计结论和整改落实工作，评价内部审计机构工作成效，及时将有关情况报告董事会或提请董事会审议。董事会审计委员会的设置，有助于协调董事会内部权力运行，但其作为董事会下设专业委员会，其自身监督属性与董事会本身属性如何切割，也是未来治理实践中需要特别关注的问题。
6、建立内部合规治理机制
新《公司法》第177条规定，国家出资公司应当依法建立健全内部监督管理和风险控制制度，加强内部合规管理。
此条将国有企业的合规体系治理机制以立法的形式进行规范。《中央企业合规管理指引（试行）》明确提出，要“建立专业化、高素质的合规管理队伍，根据业务规模、合规风险水平等因素配备合规管理人员，持续加强业务培训，提升队伍能力水平。”内部控制、风险管理、合规管理三者存在一定的重叠。
合规管理作为监督手段，与内部审计、纪检监察、风险控制、监事会等共同构成企业大监督体系，与这些监督方式的协同联动还有待破题。参照全面风险管理体系“三道防线”组织架构，多地国资委合规管理指导意见相应提出“有效确立合规风险管理的三道防线：业务部门是防范合规风险的第一道防线，业务部门负责人及业务人员应当承担职责范围内的首要合规责任；合规管理牵头部门是防范合规风险的第二道防线，同时也是合规管理体系建设的责任单位；内部审计和纪检监察部门是防范合规风险的第三道防线，根据职责开展合规风险防控。”